За словами літописної «Повісті минулих літ», після того, як у 944 році відбувся військовий похід князя Київського Ігоря на Константинополь і прийшов час укладати нову мирну угоду між Руссю та Візантійською імперією, — русичі-християни, на відміну від тих співвітчизників, які ще вклонялися ідолам, давали присягу миру у власному храмі святого Іллі. «І поклали зброю свою, — каже про це літопис, — і щити, і золото, і присягнув Ігор, і мужі його, і скільки було язичників-русичів. А християн-русичив водили давати присягу в церкву святого Іллі, що є над ручаєм…».

Як вважають історики, словом «ручай» тут позначено річку Почайну, що впадала в Дніпро і була портовою гаванню Києва. Саме тут починався Київ для багатьох гостей, які прибували на кораблях із далеких країн, зокрема з християнської Візантії. А біля порту стояли житла простих киян, серед яких вже чимало сповідували християнство. Факт наявності християнського храму у тогочасному Києві, де ще панувало язичництво, сприймається істориками як свідоцтво віротерпимості Ігоря. А назва церкви каже про те, що київські християни тієї доби, живучи у язичницькому оточенні, сподівалися на молитовне заступництво святого пророка Іллі: адже він боровся проти ухилення давніх ізраїльтян у язичництво.

Пізніша доля Свято-Іллінського храму, на жаль, невідома. Виходячи з того звичаю, за яким православні люди завжди намагалися відродити на місці зруйнованого чи старого храму новий, можна гадати, що і на місці давньої церкви святого Іллі час від часу зводили нові храми. Один з них згадується під 1632 роком.

А 1692 року на кошти киянина Петра Гудими зводиться кам’яна Свято-Іллінська церква у стилі українського бароко. Протягом другої половини XVIII століття навколо храму постала низка інших кам’яних юудівель. З півночі до церкви добудували приділ Усіковіння глави святого Іоана Предтечі. На сході храмової садиби звели ворота. Ліворуч від них, якщо увійти на подвір’я, постали дзвіниця та один з корпусів Київської Малої Бурси. Щодо дзвіниці, то будував її майстер з Москви, як можна дізнатися по архітектурі бані. Таких дзвіниць у Києві лише дві: друга належала церкві святого Миколи Доброго на Подолі, знищеної більшовиками. Що ж до бурси, то вона правила за гуртожиток для кількох слухачів Київської Могилянської Академії. Подібних гуртожитків було кілька. Всі вони діяли при парафіях на Подолі, неподалік від корпусу Академії, і складали разом Малу бурсу, тобто гуртожиток для незаможних студентів.

Після революції Свято-Іллінську церкву закрили й перетворили на склад зерна, а навколишні будівлі використали як житло. У 1950-х роках було проведено реставрацію архітектурного комплексу й розписів храму. За висновками спеціалістів, в олтарній частині церкви зберігся найбільш давній розпис. Завершуючи роботу, реставратори у офіційному звіті відверто назвали ставлення людей до Свято-Іллінського храму «бридким». Це було сказано у ті дні, коли у країні йшла друга хвиля зачинення та руйнації храмів. Тим більше за диво Боже можна вважати повернення Свято-Іллінської церкви віруючим у 1960 році.

Нині храм святого пророка Іллі можна відразу впізнати серед інших церков Подолу: золоту баню святині помітно на величезній відстані. Вона вказує одне з місць, від яких кияни й числені паломники починають знайомство з церковною історією нашого міста.