Як вважають історики, вже після смерті святого ігумена ця печера перетворилася на підземну обитель. Тут збереглися і житлові келії, і вузькі виступи для відпочинку ченців, і вирубане у грунті крісло в підземній оселі якогось подвижника, і господарські ями, і усипальниці-крипти з могилами та лежанками, і кімітірії для перекладених за афонським звичаєм чернецьких кісток. Ось в таких нішках колись спочивали черепи. Цього звичаю й досі дотримуються у афонських монастирях. У ньому є і постійна пам’ять про смертний час, і шанобливе ставлення до кісток подвижників, і економія поховального місця. Як на скелястих схилах Афону, так і в печері важко створити багато могил. Тому кожна могила використовується багаторазово. Вийняті з неї кістки переносять до братської усипальниці-кімітірію.

З часом, подібно до Лаври, Гнилецька обитель вийшла з печер на поверхню. Близько 1147 року з монастиря у далеку Вологду вирушив преподобний Герасим — перший місіонер давньоруської Півночі. На межі XII-XIII століть в обителі збудували кам’яну однобанну церкву Пречистої Богородиці. Після розорень Києва XIII та XV століть монастир занедбав. Від його церковища пішла нова назва урочища — Церковщина.

1832 року Гнилецькі печери відвідав ректор Київської духовної академії архімандрит Інокентій. Він звернув увагу на те, що в цих підземеллях, порівняно з лаврськими, краще зберігся первісний вигляд. І незабаром отець Інокентій вжив заходів, аби відкрити печери Гнилеччини для паломників. Так вперше у Києві після Лаври з’явилося місце, в якому давні чернецькі печери були офіційно доступними для відвідування. Це був також перший досвід отця Інокентія у відрожденні запустілих святинь, зокрема печерних. Адже саме отець Інокентій, відомий більше як видатний богослов, відродив Святогірську Лавру, Бахчисарайський та Інкерманський монастирі у Криму, коли вже у сані архієпископа був то Харківським, то Херсоно-Таврійським владикою. У наші дні він шанується Церквою як угодник Божий.

З 1900 року біля Гнилецьких печер будується новий монастир під назвою «Скит Пречистої». На стародавньому церковищі звели храм Різдва Пречистої Богородиці, який, на жаль, не зберігся. Начальником «Скиту Пречистої» був призначений учень святого Іони Київського ієромонах Мануїл.

Милістю Божою та небесним заступництвом старця Іони, завдяки мудрому керівництву отця Мануїла, невтомній праці ченців та пожертвам віруючих «Скит Пречистої» досяг розквіту, хоча ніколи не мав зайвих коштів. Печери було розчищено та частково укріплено. Тут освятили храм на честь преподобного Феодосія та показували гостям предмети чернецького побуту, знайдені під час розкопок. Обитель мала два двори в Києві, два скити в Умані, наглядала за пам’ятником Хрещення Русі, відомим як Магдебурзька колонна. Гостинність ченців Церковщини поєднувалася з суворим статутом внутрішнього життя. Біля самих печер почали будувати великий храм на честь Святого Миколая, Мирлікийського чудотворця.

Під час громадянської війни отець Мануїл переховував у Церковщині від більшовицьких репресій братів Володимира та Миколу Жевахових. Перший з них був меценатом відродження Звіринецьких печер у Києві, другий — письменником. Пізніше Микола емігрував, а Володимир прийняв чернецтво і єпископство. Церква шанує його як святого священномученика Іоасафа.

Радянська влада ліквідувала обитель у Церковщині, створивши в урочищі зону позбавлення волі. З 1950-х років тут знаходиться підпорядкована Міністерству Внутрішніх Справ України лікарня. З початку 1990-х років печери перебувають у віданні спеціалістів відділу «Київ підземний» Музею історії міста Києва, які й досліджують цю святиню. За домовленістю з Музеєм та розташованою в Церковщині лікарнею МВС України церковну опіку щодо святинь урочища здійснює Голосіївська пустинь. 2001 року за рішенням МВС України їй передано недобудований Свято-Микільський храм, що тоді ж отримав статус скита Голосіївської обителі. Головною святинєю храму є список із чудотворної ікони Божої Матері «Всецариця», яка прославилася на Афоні.