Поява монастиря пов’язана з непростим періодом в історії Києва. Наприкінці XVI століття був застосований особливий засіб поширення католицизму на землях Русі під владою Речі Посполитої – запровадження греко-католицької унії, укладеної в Бресті 1596 року. Прихильникам унії дозволяли дотримуватися православної «грецької» обрядовості, але під зверхністю Папи Римського. Уніатів усіляко підтримувала польська адміністрація. До них пристали деякі православні ієрархи, аж до київського митрополита Михайла Рагози. Проте серед населення – козаків, міщан, селян, значної частини шляхти – зростала активна опозиція унії.

Аби протистояти утискам влади, православні об’єднувались у братства. Таке братство сформувалося й у Києві. Важливою подією на початку його діяльності стала щедра пожертва заможної киянки, дружини мозирського маршалка Галшки Гулевичівни. У 1615 році вона пожертвувала «правовірним і благочестивим християнам народу руського в повітах воєводств Київського, Волинського та Брацлавського» велику садибу з кам’яним будинком у найбільш населеній тоді місцині Києва – на Подолі. Це було зроблено з тим, щоб використати садибу й прибутки від неї для влаштування православного монастиря та навчального закладу. Київське братство, власне, було невдовзі організоване саме для втілення задуму Галшки.

Заснування Братської школи стало вагомою віхою в розвитку київської освіти. З часом ця школа одержала статус колегії, потім академії, котра набула славнозвісності як Києво-Могилянська – за прізвищем святителя Петра Могили, київського митрополита, який активно підтримував Братську колегію на етапі її становлення. З нею пов’язані імена багатьох видатних релігійних, державних і культурних діячів України. Але докладна історія «Могилянки» потребує окремої розповіді, тому ми згадаємо її тут лише побіжно.

Що ж до монастиря при братстві, то є відомості про його існування вже в 1620 році. При обителі було зведено первинний храм на честь Богоявлення – напевно, за сприяння славетного гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного, котрий записався до братства разом зі своїм військом. Це гарантувало монастиреві та школі матеріальний добробут, а за необхідності й озброєний захист.

Є підстави вважати, що самого Сагайдачного поховали при Богоявленській церкві. На території колишнього монастиря, яка зараз належить Національному університету «Києво-Могилянська академія» (НаУКМА), нині стоїть пам’ятний хрест на згадку про гетьмана.

У 1630-х роках, за часів Петра Могили, в обителі спорудили кам’яну будівлю трапезної з церквою, що спершу йменувалася на честь Св. Бориса і Гліба. Протягом деякого часу її використовували як «конгрегаційний храм» Київської колегії та академії (тут відбувалися різні заходи студентської громади – «конгрегації»). Після нищівної пожежі на Подолі 1811 року сюди було перенесено престол згорілої церкви Св. Духа, і відтоді трапезний храм мав цю назву.

Унаслідок перебудови 1820-х років, здійсненої архітектором Андрієм Меленським, трапезна набула класицистичного вигляду; нещодавня ре- конструкція увінчала споруду трьома банями. Неподалік збереглася колишня монастирська поварня, яка виходить на сучасну вулицю Григорія Сковороди. За однією з версій, основа цієї будівлі була зведена на межі XVI та XVII століть і є колишнім будинком Галшки, подарованим нею разом з ділянкою.

Неабияку допомогу монастиреві та Київській академії надав гетьман Іван Мазепа. Його коштом у 1690–1693 роках за проектом зодчого Йосипа Старцева був споруджений новий 5-банний Богоявленський собор, котрий став одним із шедеврів українського бароко. Дуже своєрідними були вишукані портали та фронтони храму, рясно вкриті орнаментованими ліпними оздобами. Мазепа також фінансував будівництво навчального корпусу академії, спершу одноповерхового; у 1730-х роках його надбудували другим поверхом та увінчали банею нової «конгрегаційної» Благовіщенської церкви.

У другій половині XVIII сторіччя було зведено монастирську дзвіницю, перебудовану 1815 року Андрієм Меленським. Тривалий час ця струнка споруда була однією з найпомітніших на Подолі, правлячи за чудовий орієнтир. Обабіч неї в 1899–1904 роках були прибудовані заокруглені в плані двоповерхові крамниці.

До складу монастирського комплексу входило ще декілька будівель XVІII–XIX століть, зокрема будинок ігумена, келії, проскурня тощо. Углибині садиби було зведено вельми оригінальний об’єкт – сонячний годинник кінця XVIII сторіччя. Він має вигляд стовпчика з чотирма циферблатами, за якими за напрямком тіні від спеціальних вертикальних пластин можна дізнатися, котра година. Сконструював цей незвичний пристрій викладач Києво-Могилянської академії, француз П’єр Брульйон.

Довгий час Києво-Могилянська академія давала своїм вихованцям як духовну, так і світську освіту. Але в 1817– 1819 роках заклад було реорганізовано в Київську духовну академію – суто релігійну вищу школу, яка залишалась у спільному комплексі з Братським монастирем. За усталеним, зрештою, порядком, настоятель Богоявленської обителі був водночас ректором академії та мав сан єпископа Канівського. Так тривало до настання радянської доби.

Після революції академію та монастир розформували. Територія отримала одразу кількох нових господарів.Старий академічний корпус віддали Академії наук, у келіях і службових корпусах відкрили клініку, а на значній частині монастирської ділянки облаштували військовоморське політичне училище.

Що ж до сакральних будівель, то найпомітніші з них – собор і дзвіниця – у 1930-х роках були зруйновані. Атеїстична влада вжила заходів для того, щоб ускладнити можливе відновлення святинь. На місці собору спорудили пересічний житловий будинок. Від дзвіниці лишилася нижня частина з колишніми крамницями, яку надбудували ще двома поверхами під навчальний корпус училища.

Тепер усі ці будови перебувають у розпорядженні НаУКМА. Годі очікувати, що сьогодні заради відтворення попереднього вигляду Богоявленської обителі будуть зруйновані тисячі квадратних метрів діючих приміщень. Тож поки що ми можемо лишень розглядати чимало історичних зображень Братського монастиря та зберігати як пам’ятки культури ті його будівлі, що вціліли, попри війни й руйнації.