Військовому мистецтву Сагайдачний навчався у Самійла Кішки. “Від молодих нігтів,— за запевненнями біографів,— навчився він натягувати лук, проводити день за днем у сідлі, з труднощами боротися силою свого характеру; легко переносив він втрати, голод і працю, не боявся ворога і під час небезпеки проявляв відчайдушну хоробрість”.

У кінці XVI — на початку XVII сторіччя очолив Запорізьку Січ, стає кошовим отаманом. Під проводом його запорожці в 1605 році взяли турецьку фортецю Варну, в 1614-му — Синоп, а в 1616-му — Кафу (Феодосію), спалили турецький флот і звільнили безліч християнських невільників. Прийнявши булаву з рук народу і війська, Сагайдачний назвав себе гетьманом обох сторін Дніпра і Війська Запорізького; його приклад наслідували полковники й сотники, і козаки малоруські почали називатися запорожцями. Ця назва відрізняла полки, віддані гетьманові й вітчизні, від полків, які були віддані магнатам і Польщі.

Саме Сагайдачний зробив із запорізьких козаків армію (ввів армійську дисципліну і розробив тактику бою, властиву саме козакам), що дало йому можливість воювати з переважаючою кількістю турецької армії. Сильна армія козаків дозволила Сагайдачному вести переговори на рівних із польським королем. Армія запорізьких козаків свого часу була щитом, який защищав східні кордони Польщі від турків і Москви. Своє легендарне прізвисько Сагайдачний дістав завдяки умінню влучно стріляти з лука (Сагайдак — сагайдак для стріл).

Славу полководця Сагайдачний здобув у двох походах: московському 1617—1618 років і турецькому — 1621-го. У 1618 році поляки звернулися до Сагайдачного з проханням допомогти королю Владиславу, котрий вирушив під Москву. З 20 000 козаків Сагайдачний здобув Ливни і Єльци, розбив московські ополчення Пожарського й Волконського і вивів Владислава зі скрутного становища. З усім Військом Запорізьким Сагайдачний вступив до Київського (Богоявленського) братства. І хоча його створили без дозволу короля, братство не насмілювалися заборонити, побоюючись козацтва. У 1620 році Сагайдачний переконав єрусалимського патріарха Феофана, що повертався з Москви, відновити православну ієрархію, знищену унією.

У тому ж році розпочалася війна з Туреччиною. Польський гетьман Жолкевський вирішив іти до Стамбула через Молдавію, але програв битву під Цецорою і сам загинув у бою. Загинув там і батько Богдана Хмельницького — Михайло Хмельницький, а сам Богдан потрапив у полон. Тоді польський король покликав на допомогу запорожців, і Сагайдачний привів на Дністер величезну армію — 41 000 кінноти і артилерію з 22 гармат. У 1621 році відбулася знаменита Хотинська битва; турки змушені були укласти не вигідний для них мир, а Сагайдачний одержав з рук королевича Владислава в нагороду за успішні дії під Хотином меч, інкрустований золотом і діамантами з зображенням алегоричних сцен суду над Соломоном і бою античних воїнів. Вручення Сагайдачному меча майбутнім королем Польщі згідно з тодішнім звичаєм означало визнання високого суспільно-правового стану козацького гетьмана і очолюваного ним Війська Запорізького. Відтепер за козаками визнавали права лицарського люду українських воєводств Речі Посполитої. Вручена зброя як найголовніший лицарський символ на довгі роки стала своєрідною охоронною грамотою для козацтва. Зберігається цей меч у Краківському Вавеле, в Державній колекції мистецтв, під інвентарним номером з назвою “Меч гоноровий П. К. Сагайдачного, гетьмана козацького”. Мабуть, після смерті гетьмана його меч потрапив у Скарб Коронний у Варшаві, а вже звідти перейшов у власність династії Ваза.

Після Хотинського миру поляки зобов’язалися приборкати свавілля козаків і не допускати їх напади на Туреччину. Глибоко обурені умовами Хотинського миру, козаки не дозволили себе обеззброїти і організовано пішли з-під Хотина на Запоріжжя. Сагайдачний був тяжко поранений під Хотином, і 20 квітня 1622 року його наздогнала смерть від отриманих ран. Похований у Києві, в Братському монастирі.

Перед смертю Сагайдачний заповів усе своє майно на просвітницькі, доброчинні та релігійні цілі, зокрема Київському братству і Львівській братській школі.