У 1744 році монах Досифей, який жив у печері при Китаївській пустині, подарував своєму благодійнику — селянину з Пирогова — гроші, що отримав від імператриці. На ці кошти стара парафіяльна церква в Пирогові була замінена новою. У 1826 році тут було зведено кам’яну Хрестовоздвиженську церкву. З приходом більшовиків церкву зруйнували. У 1957 році Пирогово увійшов до складу Києва. На перехресті вулиць Червонопрапорної та Лауреатської було встановлено пам’ятний хрест, що вказував на місце зруйнованого храму. З 2007 року біля обеліска загиблим радянським воїнам у поминальні дні відправлялися панахиди. Відродження храму розпочалося у 2008 році. У 2009 році була виділена в оренду земля навпроти входу на Пирогівське кладовище. 27 вересня було освячено фундамент храму, а наприкінці листопада встановлено тимчасовий храм. Постійні богослужіння розпочалися з Різдва Христового 2010 року. У січні 2011 року почалося будівництво нового дерев’яного храму, яке завершилося до Великодня, і перша Літургія відбулася на Великдень 2011 року.