Заснував у 1927 році (пізніше, ніж Будинок учених в Одесі) у колишньому Клубі актора, на розі вулиці Пушкінської та Прорізної (Свердлова). З листопада 1943 року знаходився на вулиці Карла Лібкнехта (нині — Шовковичної).
У 1944 році, після повернення установи Академії наук УРСР із евакуації до Києва, постало питання про відродження київського Будинку вчених. Попередня будівля була зруйнована, і Ніна Паладина — дружина віцепрезидента Академії наук УРСР Олександра Паладина — звернулася до Микити Хрущова (на той час голови Раднаркому УРСР), з яким була знайома. Для Будинку вчених було виділено старовинний двоповерховий будинок № 45 по вулиці Володимирській, де в лютому 1945 року Будинок вчених відновив свою роботу.
Надане приміщення було побудоване в 1892 році за проєктом відомого київського архітектора А. Хойнацького для підприємця Василя Степановича Качали. Особняк мав каретну частину, великий зал для балів і спочатку призначався для здачі в оренду заможним киянам.
За радянських часів у Будинку учнів працюють секції авіації та космонавтики, університети природи, здоров’я та правових знань, художня студія. У 1933 році була створена гірська секція, яка стала організаційним і методичним центром альпіністських і туристичних груп та гуртків у наукових установах міста.
