Во время татаро-монгольского нашествия здание было разрушено, а уцелевший первый ярус нартекса в XIII-XVI вв. служил часовней. В 1642-1643 к сохранившемуся нартексу (его высота до зенита свода в интерьере 10 м) с востока была пристроена удлиненная граненая апсида, а с запада — деревянный рубленый притвор-бабинец, и таким образом храм получил крестовый план; он был завершен тремя барочными верхами. В 1644г. его интерьер был расписан киевскими и афонскими мастерами.