Під час татаро-монгольської навали будівлі було зруйновано, а вцілілий перший ярус нартексу (притвор) в XIII-XVI ст. служив каплицею. У 1642-1643 до нартекса (його висота до зеніту склепіння в інтер’єрі 10 м), що зберігся, зі сходу була прибудована подовжена гранована апсида, а з заходу — дерев’яний рубаний притвор-бабинець, і таким чином храм отримав хрестовий план; він був завершений трьома барочними верхами. У 1644 р. його інтер’єр був розписаний київськими та афонськими майстрами.