Незвичайним явищем у житті всієї царської Росії другої половини 19 ст. з’явилося заснування і швидке зростання Київського Свято-Троїцького монастиря, який за півстоліття за популярністю став нарівні з давніми обителі. Сам устрій та дух монастиря нерозривно пов’язаний з особистістю його засновника — преподобного Іони (у світі Іоана Мірошниченка, який народився у Кременчуці). Спочатку монастир був скитом Києво-Печерської лаври. 1934 р. обитель закрили, Покровський храм – зруйнували. У 1942 р. монастир відкрився і діяв до 1949 р. Але й після закриття на його території жили ченці, які працювали в ботанічному саду. У цей час у Свято-Троїцькому соборі розміщувалися лабораторії, а потім – склад та звалище ботанічного саду. У 1995р. одночасно з канонізацією о. Іони монастирю повернули статус самостійного.