Скит розташований в урочищі, яке раніше іменувалося «Лазарівщина». За клопотанням першого єпископа Чигиринського Феофана (Шиянова, 1800 – 1807, 1811) з 1802 р. це урочище стало хутором при заміському вікаріатському будинку – дачі преосвященного настоятеля Михайлівського Золотоверхого монастиря. У 1802 – 1803 pp. було збудовано та освячено перший храм – на честь Чуда Архангела Михайла (згадується 6/19 вересня) та архієрейський будинок при храмі. Митр. Київський Гаврило (Банулеско, 1799 – 1803) благословив перейменувати Лазарівщину на Феофанію. Свт. Інокентій (Борисов; настоятель Михайлівського Золотоверхого мон. в 1836 – 1841 рр.; 1857, пам. 25 травня / 7 червня) багато попрацював тут і ввів у Феофанії біблійні назви. Єп. Серафим (Аретинський, наст. Михайлівського мон. 1859 – 1865 рр.) 1861 р. благословив відкрити у Феофанії скит. Облаштувався скит працями досвідчених старців, подвижників благочестя іг. Вонифатія (у скиту – з 1861 р.; †1871) та схіїгумена Іринарха (керував Феофанією у 1871 – 1901 рр.). До революції у Феофанії було збудовано 4 храми: Чуда Архангела Михаїла (дерев’яний), Всіх Святих, Володимирської ікони Божої Матері та собор вмч. Пантелеїмону.