Настоятель храму прп. Феодора Освяченого, що на Лук’янівці (зруйнований у 1930-ті рр.) о. Костянтин Терлецький задумав побудувати на території свого приходу, на горі Юрковиця, церкву-школу в ім’я сщмч. Макарія. 16 травня 1896 р. була хресна хода та освячення місця для будівництва храму. 1 травня 1897 р. (цього дня відзначали 400-річчя мученицької кончини св. Макарія) відбулося закладання храму. Під час будівництва був зрізаний гострокінцевий пік Юрковіці. З Байкового цвинтаря пожертвували дерев’яну будівлю храму свт. Димитрія Ростовського (бо там уже було збудовано кам’яний Вознесенський храм). 30 листопада 1897 р. відбулося освячення храму. Пізніше для школи збудували окрему будівлю, а храм трохи розширили. У 1922 р. було закрито парафіяльне Києво-Юрковецьке Свято-Макаріївське братство. Настоятеля храму о. Никодима Яновського 1937 р. заарештували, а 1938 р. – розстріляли. У 1938 р. храм закрили (1939 р. – зняли куполи) і перетворили на шорну фабрику. У будівлі закритої церковно-парафіяльної школи розмістили мешканців, а у притулку – тубдиспансер. У вересні 1941 р. фашисти окупували Київ та у храмі розмістили склад фуражу кавалерійської частини. Наприкінці 1941 р. німці перенесли склад в інше місце та дозволили відкрити храм. У лютому 1942 р. почалися богослужіння і храм не закривався. З благословення Митр. Київського Іоанна (Соколова) у 1951 р. храм було освячено та отримано частинку мощів сщмч. Макарію для аналойної ікон. 1 травня 1997 р. урочисто відзначали 500-річчя мученицької кончини св. Макарія та 100-річчя храму.