Заснований по 2-й пол. 11 ст. князем Всеволодом Ярославичем як родовий монастир. 1070-1088 на території монастиря споруджено Михайлівський собор. У 1096 році монастир зазнав нападів половців. 1199-1200 рр. під стінами собору київський зодчий П.Милонег збудували систему підпірних споруд. Сам ансамблю остаточно склався до 17 – поч. 18 ст. коли стародубський полковник М.А. Миклашевський збудував тут кам’яний п’ятикупольний георгіївський собор і трапезну (1686-1701), а гетьман Данило Апостол – дзвіницю (1723-33) у стилі українського бароко. Наприкінці 20-х років XX століття монастир закрила радянська влада. З 1945 р. Видубицький монастир увійшов до зони Ботанічного саду АН УРСР. За радянських часів біля монастиря розташовувався Інститут археології АН УРСР. У 1967 – 1982 роках. всі будівлі ансамблю було відреставровано під керівництвом Р. П. Бикової. У 1992 р. монастир відновив своє церковне життя. Наразі монастир займає громада української православної церкви (Київський патріархат).