Існують різні версії щодо виникнення Звіринецьких печер, але жодній науково доведеній столиці так і не вдалося здобути. Натомість відомо, що вхід у печери був виявлений Феодосією Матвієнко, яка проживає ще в 19 столітті в київській місцевості Звіринець. Почувши дивний гуркіт під підлогою свого житла, жінка вирішила перевірити, що це, і спустилася вниз разом зі своїм сусідом. Таким чином, в кінці XIX століття було знайдено печери монастиря, після чого монастир був частково відновлений в 1913 році як Різдво Богородиці скита Києво-Печерської. Після радянського періоду запустіння, працями музею історії Києва та братії Свято-Троїцького Іонінського монастиря Звіринецькі печери були знову розчищені. З 1997 року відроджено скит Різдва Богородиці на Звіринецьких печерах. У 2009 році на базі Звіринецького скиту засновано Архангело-Михайлівський монастир.