Зруйнована під час татаро-монгольської навали Батия у 1240. Капітальний ремонт здійснено у 1474. Під час нападу татар у 1482 знову пошкоджена та пограбована. Реконструйована у 1613-1614 (італійський архітектор Себастіано Брачі). У цей час, коли з 1613 по 1633 рр. собор св.Софiї був у руках унiатiв, церква стала кафедральним собором київських православних митрополитiв. Пошкоджена пожежею у 1651, відремонтована. Пошкоджена пожежею у 1718. Відреставрована у 1721.
Протягом 1752-1772 відреставрована у формах українського бароко архiтектором I.Григоровичем-Барським, який, здогадно, i був тут похований. Тоді церква стала пам’ятибанною. У 1808 дещо постраждала від пожежі. У 1809 завалилася центральна баня. У 1811 постраждала від пожежі, після чого перебудована в класицистичних формах за проектом архiтектора А.Меленського. У 1835 добудовують дзвіницю в стилі ампір. В такому вигляді збереглася на деяких зображеннях.

1934 р. церква знову стала кафедральним собором Української автокефальної православної церкви. Знесена у 1935 році радянською владою.


Археологічні розкопки, розпочаті у 1976—79 рр. і завершені 1997 р., дозволили детально вивчити конструктивні та архітектурні особливості споруди. Виявилося, що за рахунок зростання культурного шару з XII ст. стіни давнього храму збереглися під поверхнею землі на висоту близько 2 м.


Рiшення про вiдбудову церкви ухвалив виконком Київради 14.04.1989 р. Було проведено конкурс, за результатами якого вирiшено вiдбудувати пам’ятку в гаданих первiсних формах. Визначено цiльове бюджетне фiнансування вiдбудови церкви i термiн проведення робiт — 1996-1997 роки. Будiвельнi роботи розпочато у вереснi 1996 р., а 14 сiчня 1997 р.- зупинено через незадовiльну якiсть проекту. Нова концепцiя вiдбудови церкви затверджена 7 лютого 1 997р. Остаточний варiант проекту вiдбудови схвалено 9 квiтня 1997 р., тодi ж було вiдновлено будiвельнi роботи, якi успішно завершено в березнi 1998 р. Автори проекту — професор Ю.С.Асєєв, архiтектори В.П.Шевченко i В.Ф.Отченашко. Зараз це — діючий храм Української православної церкви — Київського патріархату.