В 1633 году Богоявленское училище было преобразовано в коллегию, устроенную по образцу уже существующей коллегии в Кракове. Святитель Петр, как никто другой, чувствовал необходимость такого училища. Его трудами и за его счет в Братском монастыре было возведено каменное здание, предназначавшееся для аудиторий, построены деревянные помещения для учащих и учащихся, преподаватели заблаговременно получили образование заграницей, что сразу поставило Киевскую коллегию в один ряд с высшими богословскими школами Европы.

Но, по мысли своего основателя коллегия должна была поднять не только интеллектуальный, но и духовный уровень православных. Поэтому святитель заботился не только о том, чтобы в основанной им коллегии процветали науки, но, прежде всего, чтобы в сердцах молодежи было укреплено православное благочестие. С этой целью он сам в 1636 году составляет правила, ставшие руководством для преподавателей и воспитанников. Несмотря на всю свою занятость управлением обширной Киевской Митрополией, святитель Петр Могила непрестанно заботится о коллегии и уже на смертном одре называет ее «единственным своим залогом».

В 1649 году Киев посетил Иерусалимский Патриарх Паисий. Остановившись в Киево-Могилянской коллегии, он преподал учащим и учащимся первосвятительское благословение и патриаршей грамотой утвердил все права «винограда училищнаго кир Петра Могилы тщанием взращенного». Несмотря на то, что великий основатель оставил в наследство коллегии прекрасную библиотеку и внушительные денежные суммы, после смерти в 1647 году Петра Могилы, она начала клониться к упадку. Причиной тому служили и униатские погромы, во время которых была захвачена раннее основанная святителем Петром школа в городе Виннице, и нестабильность политической обстановки и страшный пожар в 1654 году, уничтоживший весь Братский Богоявленский монастырь и Киево-Могилянскую коллегию. В огне погибла вся юридическая документация училища. Ректор коллегии Иоаким Голятовский предпринял в 1657 году попытку восстановления пострадавших зданий, но все построенное было уничтожено в 1665 году во время военных действий на окраинах Киева. Не помогли коллегии ни грамоты польского короля, ни пожертвования украинского гетьмана — результаты долголетних просьб со стороны ректоров о поддержании «искры, возженной рукоюмитрополита Петра». Коллегия и Братский монастырь были, по словам очевидца, «жаждны, гладны и хладны».

Но, вопреки всем нестроениям, коллегия продолжала воспитывать будущих великих тружеников на благо Церкви и Отечества, среди которых были Исаия Трофимович-Козловский, Иннокентий Гизель, Иоанникий Голятовский, Епифаний Славинецкий, Стефан Яворский, Лазарь Баранович, свт. Димитрий (Туптало), митрополит Ростовский, Варлаам Ясинский, Иван Самойлович. Последний, ставши гетьманом Украины, даровал в 1672 году родной школе универсал, по которому коллегия получала значительную материальную помощь. Но, несмотря на это, положение школы оставалось крайне тяжелым. Только с началом 90-х годов XVII столетия коллегия входит в новый период. На престол киевских митрополитов восходит один из лучших воспитанников и выдающихся ректоров коллегии Варлаам Ясинский. Онникогда не переставал заботиться о коллегии, всеми силами стараясь возродить пошатнувшуюся было школу. Главным помощником его был ректор тогда еще Киево-Могилянской коллегии архимандрит Иоасаф Кроковский, ставший, по словам Преосвященнейшего Варлаама, «благоразумным и благочинным ея устроителем». Будучи еще префектом и преподавателем, он в 1689-1693 гг. впервые прочитал в ней четырехлетний курс богословия. Право расширить курс наук и преподавать не только пиитику и риторику, но и философию и богословие было подтверждено царским указом от 11 января 1684 года.

Следующим шагом на пути преобразования коллегии стало испрошение у правительства собственного суда и независимости от гражданских и военных властей. В 1694 году митрополит Варлаам через бывшего воспитанника и префекта коллегии митрополита Рязанского Стефана Яворского подал прошение от имени преподавателей и воспитанников, и в ответ на него последовала царскаяграмота, в которой разрешалось принимать в коллегию всех православных христиан, не взирая на национальность и происхождение. Но в этой грамоте коллегия еще не названа Академией.

Впервые статус Академии был закреплен за ней грамотой царя Петра Алексеевича от 26 сентября 1701 года по старому стилю. В ней Киево-Могилянское училище было уравнено с «иными Академиями во всех государствах иноземных», а его воспитанники названы студентами. Эта грамота, названная митрополитом Варлаамом Ясинским «полномощной», положила начало новой эпохе в жизни училища, в которую оно входит уже в ранге Академии. Но, даже в новом статусе, она сохраняет свои основные черты, заложенные еще Петром Могилой.

Главой Академии был ректор, избираемый из среды академических профессоров. Выборы ректора проходили в торжественной обстановке и участие в них принимали не только преподаватели Академии, но и все ученое духовенство Киева. О результатах выборов митрополит сообщал гетьману. После утверждения гетьманом проходили торжества возведения в ректоры, совершавшиеся по особому чину в храме. Затем митрополит вручал новоизбранному ректору игуменский жезл и ставленную грамоту.

Главным помощником ректора по Академии был префект, совмещающий обязанности инспектора, эконома и профессора. Он, как и другие преподаватели, назначались митрополитом по представлению ректора.

С получением Академией статуса высшего учебного заведения значительно возросло количество студентов. Учебный год обычно начинался 1 сентября и завершался в начале июня. Занятия проводились до и после обеда. Официальным языком Академии была латынь. Студенты должны были общаться на латыни не только во время занятий, но в свободное время. В низших классах для проверки заданий назначались самые способные воспитанники, получавшие наименование аудиторов. В классах студенты садились на определенные места впереди размещались лучшие воспитанники, на задних столах — худшие.

Лучшим средством к успешному усвоению программы студентами средних и высших классов считались диспуты. Частные диспуты проходили почти еженедельно, публичные — не меньше двух раз в год. Публичные диспуты отличались особой торжественностью, так как на них присутствовало обычно все городское духовенство во главе с митрополитом и множество образованных киевлян. Диспуты начинались приветственными речами и песнопениями в адрес митрополита, затем начиналась дискуссия на богословские или философские темы на латыни, в перерывах между которыми ученики низших классов произносили диалоги и читали стихи собственного сочинения. Не менее торжественными днями были так называемые майские рекреации т. е. дни отдыха, во время которых ставили трагедии или комедии религиозно-нравственного содержания, написанные под руководством профессора пиитики. Эти своеобразные драматические представления происходили обычно при большем стечении зрителей где-либо за городом.

Одновременно с рассветом научной деятельности в начале XVIII века Академия начинает улучшать свое материальное положение и благоукрашаться. Этим она во многом обязана благотворителям, которые на свои средства воздвигали в Братском монастыре великолепный, существующий и поныне, каменный Богоявленский храм и обширный каменный корпус для аудиторий, вмещавший 1000 человек. Но даже довольно крупных денежных пожертвовании не хватало на содержание и обучение более 2000 студентов, насчитывающихся в Академии к началу 1700 года.

Для материальной поддержки нуждающихся студентов в Академии существовали так называемые конгрегации. Они пользовались правами и привилегиями юридических лиц, имели печать, могли вступать в денежные операции, составлять акты, подавать прошения и жалобы в суды. Членами конгрегации были воспитанники Академии как из высших, так и из низших классов. При вступлении в конгрегацию они торжественно давали клятву всегда и во всем помогать Академии «в коем бы чине милостию Божиею не пребывали». Префект конгрегации и его помощники, выбранные закрытой подачей голосов, производили сбор пожертвований, вели и хранили книги для сборов. Средства, собранные конгрегациями шли на содержание студентов, живших при Академии.

В XVIII веке произошли некоторые изменения в управлении и образовательном процессе, который был построен по образцу доминировавшей тогда в Европе иезуитской школьной системы. Академия ставилась в зависимость от Священного Синода. Каждый год в Санкт-Петербург в синодальную контору отправлялся отчет о деятельности Академии и ведомости с указанием числа студентов, места и даты рождения и их успеваемости. Осуществляя общий контроль над деятельностью училища. Святейший Синод всю полноту власти сосредоточил в руках митрополита. Почти все в Академии решалось с его согласия. Хозяйственная жизнь Академии находилась в ведомстве консистории. Консистория также всегда участвовала в выборах нового ректора.

Ректор, подчинявшийся митрополиту, был главой самой Академии. Ему подчинялись и студенты, и профессора, и префект, назначенный властью митрополита. В помощь префекту в XVIII веке вводится должность суперинтенданта, в обязанности которого входило наблюдать за студентами, живущими при Академии и в приходских школах. Ему помогали избиравшиеся из числа воспитанников сеньоры, назначавшиеся в качестве репетитора к неуспевающим, инспектора, наблюдавшие за порядком во время церковных и гражданских церемоний, и цензоры, наблюдавшие за порядком в аудитории.

Академический курс состоял из 8 ординарных классов или «школ»: аналогии или фары, инфимы, грамматики, синтаксимы, пиитики, риторики, философии и богословия (Низшие классы: аналогия или по иному фара — класс, где обучали читать и писать по-гречески, латыни и славянски; инфима — II класс, где ученики занимались грамматическим разбором, не заходя далее начальных понятий; грамматика — класс, где уже изучалась в полном объеме грамматики трех языков; синтаксима — класс, где уже практиковались переводы из одного языка на другой; здесь же преподавались арифметика, катихизма, нотное пение, инструментальная музыка. Средние классы: пиитика и риторика). Кроме этого в 1738 году были созданы так называемые экстраординарные классы, где изучались древние языки (еврейский, греческий) и современные. На занятия в экстраординарные классы допускались все желающие.

Курс Академии был рассчитан на 12 лет обучения — по году для младших классов, 2 — для класса философии и 4 -для богословского. Однако, никому не запрещалось быть в одном классе по несколько лет. Иногда неуспевающие или провинившиеся переводились из высшего класса в низший. Возраст, необходимый дня поступления в Академию определялся от 7 до 15 лет. Принимались в Академию независимо от сословного происхождения — как представители духовенства, так и дворяне и разночинцы. Среди студентов Академии было немало иностранцев — из Сербии, Польши, Молдавии, Венгрии, из земель, подвластных Турции. С 1791 года в Киево-Могилянской Академии обучался грек Констанций, ставший в последствии Константинопольским патриархом.

После окончания обучения лучшие выпускники по представлению профессорско-преподавательской корпорации и утверждению митрополитом, оставались преподавателями родной Академии. Многие бывшие воспитанники преподавали в других учебных заведениях. Некоторые выпускники отправлялись для продолжения образования заграницу.

В 1777 году и в 1785 году 4 студента были направлены коллегией иностранных дел в Константинопольскую миссию.

В середине XVIII века возобновляет свою работу академическая типография в Киево-Печерской Лавре, а в 1758 году под покровительством митрополита Арсения началось строительство нового здания Академии, которое завершилось в 1765 году.

Направленная на централизацию политика Екатерины II коснулась и Киево-Могилянской Академии. Она постепенно лишалась своих древних привилегий. В 1786 году только благодаря заступничеству митрополита Самуила была остановлена попытка переведения Академии из Богоявленского Киево-Братского монастыря в Киево-Печерскую Лавру. Изменялись и предметы академического курса. Кроме основных наук вводятся изучение алгебры, геометрии, механики, оптики, архитектуры, рисования, географии, истории, немецкого и французского языков, а в конце XVIII века митрополит Гавриил вводит изучение основ медицины.

Среди знаменитых выпускников, кончивших Академию в этот период можно упомянуть святителя Иннокентия (Кульчитского), епископа Якутского, Луку Конашевича, Феофана Прокоповича, Феофилакта Лопатинского, Амвросия Южкевича, святителя Иоасафа (Горленко), епископа Белгородского, Амвросия Зортыс-Каменского, святителя Арсения (Мацеевича), Георгия Конисского, Григория Сковороду, Константина Щепина, графа Петра Заводовского, князя Александра Безбородко, Ивана Андриевского и Артемия Веделя.

Но к концу XVIII — началу XIX веков Академию одно за одним постигают несчастья. В 1770 году Украину опустошала моровая язва, после которой Академия оказалась в тяжелом состоянии. 8 июля 1811 года весь Подол был охвачен пожаром, в огне которого погибли почти все академические здания. Огнем была уничтожена и библиотека, в которой хранились книги еще времен Петра Могилы. Только через 2 года при помощи Императора и добровольных жертвователей удалось восстановить разрушенные корпуса. Тяжелым для школы был и период Отечественной войны 1812 года. Тогда многие студенты Академии, по особому разрешению правления, приняли участие в освободительном народном движении.

Несмотря на поддержку и заботу митрополита, Академия переживала тяжелые времена. Поэтому 14 августа 1817 года согласно общегосударственной программе преобразования духовных учебных заведений Киево-Могилянская Академия была временно закрыта. Два года велась работа по реформированию духовной школы и подготовка к открытию обновленной Академии и, 12 сентября 1819 года состоялось первое заседание академического правления, затем начались экзамены для желающих продолжить свое духовное образование.

28 сентября 1819 года стало днем торжественного открытия обновленной Киевской Духовной Академии. В этот день митрополит Серапион, при участии всего духовенства города Киева и при огромном стечении народа совершил Божественную Литургию и крестный ход от Свято-Успенского Подольского собора к Богоявленскому Братскому монастырю, где состоялся акт открытия уже Киевской Духовной Академии. Следовательно, это и есть дата начала бытия КДА как чисто церковного учебного заведения.

В тяжелых условиях началась новая жизнь Академии — к нехватке зданий, устаревшим учебным пособиям и скудости библиотеки присоединялась еще и нехватка профессоров, что вынуждало первые годы приглашать преподавателей из Санкт-Петербурга и Москвы. Но, несмотря на трудности. Академия продолжала воспитывать будущих светильников Православия.

В 1822 году была начата, а в 1823 году окончена постройка нового академического корпуса. Внутренне правление Академии состояло из 4 человек — ректора, управляющего духовной школой, инспектора, наблюдавшего за воспитательной частью, эконома, заведующего хозяйственными нуждами и секретаря правления.

Первым ректором Киевской Духовной Академии был архимандрит Моисей (Антинов), очень одаренный и образованный человек, которому пришлось возглавить ее в самые тяжелые как в материальном, так и в духовном смысле годы. План его лекций по Догматическому богословию послужил основой для конспекта митрополита Макария (Булгакова).

В 1822 году на Киевскую кафедру был назначен митрополит Евгений (Блоховитинов), впоследствии много потрудившийся на благо Академии. Благодаря ему значительно повысился уровень преподавания. С именем митрополита Евгения связан и перевод из Петербурга в Киевскую Духовную Академию одного из самых выдающихся ее воспитанников Иннокентия Борисова, недавно прославленного Церковью в лике святых. Назначенный в 1830 году ректором Академии, он проявил весь свой организаторский и преподавательский талант. По его инициативе философия и богословие стали преподаваться не на латыни, укоренившейся еще со времен Петра Могилы, а по-русски, что позволило освободится от латинских схоластических систем и дало возможность свободно развиваться отечественной богословской мысли. При непосредственном участии Иннокентия Борисова был основан журнал «Воскресное чтение», где печатались сочинения преподавателей и студентов.

В 1869 году в Академии начало осуществляться преподавание церковно-исторических наук, что послужило началом активизации научных исследовании в этом направлении.

После реформ 1884 года Академия приобретает право присуждать не только ученую степень магистра, как это было раньше, но и степень доктора богословия. В 1839 году выходит в свет первый том сочинений студентов и преподавателей, а в 1860 году начинают издаваться «Труды Киевской Духовной Академии». На вторую половину XIX — начало XX века приходится рассвет богословской науки. Профессора Киевской Академии Певницкии, Епифанович, Попов, Оксиюк своими трудами по переводу латинских отцов вносят немалый вклад в развитие Патрологии. В это же время в области Литургического богословия трудятся профессора Скабалланович и Дмитриевский.

Расширение научной деятельности дало возможность в 1878 году при академической библиотеке открыть церковно-археологический музей, который уже через 20 лет насчитывал более 35000 экспонатов. В нем были отделы рукописей и старопечатных книг, гравюры, иконописи, скульптуры и церковной утвари.

Тесным и плодовитым было сотрудничество Духовной Академии и Киевского университета им. св. Владимира, основанного в 1834 году. Митрополит Евгений (Блоховитинов) и епископ Иннокентий (Борисов) были почетными членами университета, в нем преподавали профессора Академии протоиерей И. Скворцов, А. Новицкий, Ф. Авсенов и др. Первый ректор университета М. Максимович вместе со святителем Иннокентием стояли у истоков историко-археологического общества, начавшего свою работу в 1843 году.

В этот период Киевская Духовная Академия занималась культурно-просветительской деятельностью и активно участвовала в работе различных научных обществ. Так, в 1894 году начало свою работу Религиозно-просветительское общество. В 1907 году было основано Религиозно-философское общество, которое с 1916 года издавало свой альманах «Христианская мысль», а в 1914 и Научно-философское общество. Но бурные события начала XX века оборвали развитие науки. Перемены, взволновавшие общество, коснулись и Академии. С 1906 года она жила по так называемым временным правилам, а в 1910 году вошел в силу новый устав Духовной школы. Не обошли стороной Академию и тяжесть военного времени и революционная буря.

Последним ректором Академии был знаменитый протоиерей Александр Глаголев.

В апреле 1919 годастарейшее высшее учебное заведение в нашей стране было закрыто. Но студенты продолжали собираться на квартирах, профессора, читали лекции, и учебный процесс продолжался до 1924 года.

В новое время Киевские Духовные школы милостью Божией, молитвами преподобных отцев Печерских и попечением Его Блаженства, Блаженнейшего Владимира, Митрополита Киевского и всея Украины были возрождены соответственно: Семинария в 1989 году. Академия в 1992 году. За это время число студентов из первоначальных 98 выросло до 2452. Сегодня преподавательская и студенческая корпорации осознают высоту задач и ответственность в воспитании будущих служителей алтаря Христова как хранителей канонического Православия в условиях секуляризации и изверившегося общества. Совершено уверен, что Академия и Семинария велики и святы в глазах народа Божия прежде всего святостью идеала и, в последнюю очередь, нашими скромными трудами.

Налажены научные связи с рядом престижных светских учебных заведений, в частности: Международной Кадровой Академией, Киево-Могилянской Академией и Славянским университетом. Успешно также осуществляется обмен учебными программами и студентами. В нашей Академии обучаются студенты из России, Беларуси, Молдовы, Румынии, Сербии, государств Кавказа, Германии. Наши выпускники и студенты (всего 48) также обучались в университетах Англии, Рима, Греции, Германии, России. Все преподаватели и студенты уверены, что нынешний новый этап в жизни Киевских Духовных школ будет успешным во всех аспектах.