В 1881 году великая княгиня Александра Петровна, будучи изгнанной из дома своим супругом, покинула Петербург и поселилась в Киеве, где приступила к осуществлению своей мысли создания монашеской общины. Последняя задумывалась ею не только как женский монастырь, но и как лечебное учреждение для бедных, в котором роль младшего медицинского персонала выполняли бы монахини и послушницы монастыря. Великой княгине удалось реализовать задуманное, пожертвовав новому монастырю все свои средства (часть средств пожертвовала также её семья). В течение примерно 20 лет (1889—1911) на территории монастыря было построено около 30 зданий — церкви, церковно-приходская школа с общежитием, корпуса для сестёр, золотошвейные и иконописные мастерские, гостиница. В том числе были построены и лечебные учреждения — бесплатная больница с терапевтическим и хирургическим отделениями, приют для слепых и немощных, амбулатория, аптека с бесплатным отпуском лекарств. Главным врачом монастырской больницы был назначен Николай Викторович Соломка, который стал главным помощником великой княгини Александры Петровны, активно оснащая больницы монастыря современным оборудованием, достаточно сказать что первый рентгеновский аппарат в Киеве (и в России) появился именно в монастырской больнице. За первое десятилетие работы (1893—1903 годы) больницей воспользовалось 5020 больных, бесплатно выдано более пяти миллионов лекарств, в хирургическом отделении сделано 2298 операций. Зачастую великая княгиня сама ассистировала хирургам при операциях. В конце XIX века на средства царской семьи были построены новые корпуса терапевтической больницы и поликлиники, после чего количество принимаемых больных выросло до 500 человек в день. Великая княгиня Александра Петровна скончалась в монастыре 13 апреля 1900 года, но осуществление её планов продолжилось и после её смерти.

Проектированием и строительством монастыря занимался Владимир Николаевич Николаев (1847—1911), епархиальный архитектор Киева (позже архитектор Киево-Печерской лавры). Покровская церковь и величественный Никольский собор, эскизный проект которого был составлен сыном великой княгини Петром Николаевичем[2], были построены Николаевым в псевдорусском стиле. Закладка Никольского собора состоялась 21 августа 1896 года. Первый камень в основания собора заложил император Николай II[4], второй — императрица Александра Фёдоровна, третий — великая княгиня Александра Петровна. Строительство собора продолжалось 15 лет. 9 мая 1911 года епископ Чигиринский Павел (Преображенский) освятил главный его престол. В настоящее время Никольский собор имеет два этажа и шесть престолов.

В 1925 году монастырь был закрыт; вновь открыт после занятия Киева германскими войсками, осенью 1941 года — по ходатайству монахини Епистимии (Самойленко) и при содействии проживавшего тогда в Киеве архиепископаАнтония (Абашидзе). В монастыре устроил временную резиденцию прибывший в Киев 18 декабря 1941 года на правах епархиального архиерея епископ Львовский Пантелеимон (Рудык). В 1943 году, при приближении фронта к Киеву, сёстры монастыря отказались от эвакуации и 40 дней провели на осадном положении в нижнем храме Никольского собора.