Вновь открыл пещеры свт. Иннокентий (Борисов; †1857, пам. 25 мая / 7 июня). В 1900 — 1902 гг. при пещерах основан монастырь Рождества Богородицы, получивший название «Скита Пречистой». Настоятелем стал ученик прп. Ионы Киевского (†1902, пам. 9 / 22 января) иеромонах Мануил (впоследствии схииг. Серафим (Ковш); †1920). В 1905 г. древний пещерный храм был расширен и освящен во имя прп. Феодосия Печерского.


С 1922 г. урочище используется как место лишения свободы (монастырь до 1928 г. сосуществовал с колонией для малолетних). Вновь открылась обитель во время войны и действовала до конца 1940-х гг. рядом с лагерем для военнопленных. В Церковщине менялись хозяева и с 1969 г. здесь расположился санаторий МВД УССР «Хутор Вольный». С 1991 г. специализированным отделом «Киев подземный» Музея истории Киева ведутся археологические раскопки пещер.


Церковная опека святыни поручена Голосеевской пустыни, братия которой совершает регулярные богослужения в пещерном храме (с 14 / 27 августа 1999 г.).