Навпроти цієї коси з іншого берегу Дніпра знаходився піщаний острів. Саме тут за переказами був терем доньки половецького хана Тугоркана – дружини київського князя Святополка Ізяславича (будівничого Михайлівського золотоверхого собору у ХІІ ст.). Саме від імені половецького хана, який загинув у битві і був похований у 1096 році  імовірно поблизу церкви Спаса на Берестові, походить трансформована на слов’янський лад назва острова Труханів (початково він згадується як Тухонов або Туханов). В XVIII ст. у зв’язку з необхідністю швартування великих суден безпосередньо на Подолі, піщану косу було підірвано. Внаслідок цього головний водотік Дніпра пішов колишнім гирлом Почайни, а піщаний матеріал коси, сполучивши перешийком острови Муромець та і збільшивши останній у розмірах, відокремив східний рукав, спрямувавши його водотік вздовж східного берегу Труханового аж до його південного закінчення. Тут обидва річища: сучасний фарватер та старе (Десенка або Чорторий) зливаються в районі сучасного мосту Метро. Почайна ж розпалася на ланцюжок озер-стариць, що звуться Опечень. Так сформувалася система Муромець-Труханів, якою її знаємо ми. Перші сліди людської діяльності на островах відносяться до епохи бронзи (ІІІ тис. до н.е.). В Х ст. на Трухановому знаходилось село Ольжиші, що належало княгині Ользі. У 1534-1698 роках острів знаходився у володінні Пустинно-Микильського монастиря. І лише в кінці XVII ст. острови Муромець та Труханів, на яких здавна селилися рибалки, переходять у власність міста. Зауважимо, що в ті часи лівобережні землі сучасного Києва належали до Чернігівської землі. Тож, кордон між Київською та Чернігівською губерніями проходив саме по вказаних островах аж до 1917 року.

Початок освоєнню Труханового було покладено у 1856 році, коли міська управа виділила 0,9 га його території під будівництво парового млина. Починаючи з 1885 року на острові розміщуються 1-ше та 2-ге товариства Дніпровського пароплавства Наприкінці XIX та на початку ХХ ст. Об’єднаному товариству пароплавства вже належить велика ділянка на острові. Воно влаштовує тут ремонтні майстерні та стапелі, а з 1907 року, коли міська влада офіційно дозволила зводити на острові житло, поряд з ними формується селище малозабезпечених робітників пароплавства. На острові було відкрито двокласну школу з майстернями при ній. Школа розмістилася у кам`яній будівлі, що була побудована на пожертви директора Товариства пароплавства по Дніпру Д.С. Марголіна. А починаючи з 1910 року Товариство постійно опікувалось навчанням дітей робітників пароплавства.

Втім, Труханів почав приваблювати і городян як місце відпочинку. Так, навпроти пам’ятного знаку Магдебурзькому праву, розмістилися ресторани “Босфор” та “Ермітаж”, де розважалася заможна і вибаглива публіка. В розташованому поруч заміському парку завжди грав оркестр, працювали буфети. Відвідувачі мали можливість покататися на водяних гірках. Втім, вхід був платним – 15-20 копійок. У 1887 році північніше від пароплавних майстерень розташувався яхт-клуб, багаторічним головою якого був видатний інженер-гідролог М. Максимович. З 1910 року у власній будівлі біля Чорторию почала діяти Дніпровська біологічна станція Київського товариства аматорів природи. Тут проводилися наукові дослідження річкової фауни і флори. Розбудовується поселення. У 1909-1910 рр. будується церква св. Єлизавети (арх. Є.Ф.Єрмаков, не збереглася), яку було названо на честь губернаторші Єлизавети Трепової, яка в ті роки головувала в київському доброчинному товаристві. В 1912 році острів за бажанням киян став зватися Олексіївським на честь цесаревича Олексія. В дні першої всеросійської олімпіади, що проходила в Києві влітку 1913-го року, на Матвіївській затоці змагалися плавці, стрибуни, гребці та яхтсмени. Доречі, Матвіївська затока отримала свою назву на честь київського професора медицини О. Матвєєва, що мав тут дачу. До цього вона називалася Старик.

Традицію пляжного відпочинку на дніпрових берегах започаткували німецькі окупанти у 1918 році. Поряд з селищем утворився пляж, який згодом став улюбленим місцем відпочинку киян. В передвоєнний час в селищі на Трухановому мешкало близько 5000 чоловік, що працювали в порту чи на заводах Правобережжя. Селище мало біля десяти вулиць, які були забудовані будинками з дерева і часто страждали від паводків. Навколо розміщувалися численні водні станції, водний стадіон а також зона “тихого відпочинку” з веранд, читалень, гамаків, душових, аеросоляріїв та купалень. За призначенням пляжі острова використовували й німці, окупувавши Київ у вересні 1941-го. Але у вересні 1943 року, дотримуючись тактики “спаленої землі”, фашисти спалили селище робітників-водників. Зараз про це нагадує виразна бронзова постать солдата біля спаленого човна. По війні було прийнято розумне рішення: поселення на Трухановому не відновлювати, а перетворити його на зону відпочинку. Матвіївську затоку віддали плавцям та яхтсменам – там відбувалися змагання досить високого рангу, було декілька літніх басейнів. Поступово на острові розмістилися бази відпочинку та літні спортивні табори. Була навіть вишка для парашутних стрибків. А з 1947 року на заклик комсомолу київська молодь інтенсивно засаджує острів деревами, встановлює бар’єри для затримки піску. Тож і колишня територія селища водників перетворилася на велику зелену зону.

З будівництвом у 1957 році 400-метрового Пішохідного мосту (група В.І. Кириченко), рекреаційний вплив на екосистеми острова значно посилився. Одночасно з будівництвом Московського мосту, активно освоюється Муромець. У 80-х роках тут створюється парк Дружби Народів. Під тиском потоку відпочиваючих екосистеми південної частини Муромця зазнають деградації. В наш час зростаючий потік відпочиваючих продовжує суттєво підривати стійкість екосистем обох островів. Місця масового відвідування необоротно втратили свій природний вигляд та сильно засмічені. Але поряд з цим великі ділянки системи Муромець-Труханів, що є малодоступними, все ще зберігають природний вигляд і високе біологічне розмаїття